《吴鞠通医案》凡五卷。卷一、卷二为温病，卷三为杂病，卷四为杂病与幼科，卷五为伤寒与杂病。与通行本相较编次互有出入，又缺妇科门证治，读者当参阅他本，以补不足。吴氏擅治温病，学继叶桂，而颇多阐发，《温病条辨》尽述所论，《吴鞠通医案》之录，尽载其验，两书印证，实有利于理论联系实际。《吴鞠通医案》治案多见纠其偏而弋获者，用药不避温煤。治大病投重剂亦是其一大特点。杂病方面吴氏重视络病，善用旋覆花汤及化癥回生丹，又从其意而略变化。《吴鞠通医案》对研究吴氏医学思想以及中医临床论治重急证，颇具启迪和借鉴。
《吴鞠通医案》为《中国医学大成》之重刊本，可供中医临床医师及学习、研究中医者参考。
卷一
风温
温疫
卷二
暑温
伏暑
温毒
湿温
冬温
卷三
中风
少阳瘛疭
肝风
肝厥
胁痛
肝痈
癫狂
虚劳
吐血
便血
肿胀
单腹胀
滞下
积聚
淋浊
泄泻
卷四
痘症
噎
呕吐
反胃
哕
失音
水气
寒湿
痹
风淫
痰饮
卷五
肺痈
喉痹
疟
伤寒
中燥
痉
瘛疭
食积
飧泄
咳嗽
头痛
胃痛
脾胃
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