《医学启源》据传系金·张元素（洁古）为教其门人而作。书分三卷，上卷论脏腑、经脉、病因、主治心法等；中卷述《内经》主治备要及六气方治等；下卷为用药备旨。据文献考证，本书流传很少，点校者于20世纪60年代初，在北京中医研究院（即现在的“中国中医科学院”）图书馆见到一部摄影本，系明成化八年（1472）刻，该书脱误颇多，故点校者先据《中藏经》《内经》《素问玄机原病式》《宣明论方》《汤液本草》《本草发挥》等书仔细点校，继又据“元刻本”进行补校，使全书通顺可读。因历史的原因，此书前后历时10余年才完成。本书可作为中医教学、中医研究及中医临床的参考用书。
医学启源卷之上
一、天地六位藏象图
二、手足阴阳
（一）手足三阴三阳
（二）手三阴三阳
（三）足三阴三阳
三、五脏六腑脉证法
（一）肝之经
（二）胆之经
（三）心之经
（四）小肠经
（五）脾之经
（六）胃之经
（七）心包络
（八）三焦
（九）肺之经
（十）大肠经
（十一）肾之经
（十二）膀胱经
四、三才治法
五、三感之病
六、四因感病
七、五郁之病注云：五运之法也。
八、六气主治要法
九、主治心法
（一）随证治病用药
（二）用药凡例
（三）解利外感
（四）伤寒热食物
（五）目疾
（六）泻痢水泄
（七）中风
（八）破伤风
（九）破伤中风法
（十）疮疡
（十一）妇人
（十二）小儿
（十三）潮热
（十四）咳嗽
（十五）五脏补泻法
医学启源卷之中
十、《内经》主治备要
（一）五运主病
（二）六气为病
（三）五运病解
（四）六气病解
十一、六气方治
（一）风凡十二方
（二）暑热凡十方
（三）湿土凡九方
（四）火凡十方
（五）燥凡十方
（六）寒水凡十一方
医学启源卷之下
十二、用药备旨
（六）寒水凡十一方
医学启源卷之下
十二、用药备旨
（一）气味厚薄寒热阴阳升降之图
（二）药性要旨
（三）用药升降浮沉补泻法
（四）脏气法时补泻法
（五）治法纲要
（六）用药用方辨
（七）去脏腑之火
（八）各经引用
（九）五味所用
（十）用药各定分两
（十一）药性生熟用法
（十二）药用根梢法
（十三）五脏六腑相生相克为夫妻子母
（十四）七神
（十五）制方法
（十六）哎咀药味
（十七）药类法象
1．风升生凡二十味
2．热浮长凡二十味
3．湿化成凡二十一味
4．燥降收凡二十一味
5．寒沉藏凡二十三味
6．续添凡四味
（十八）法象余品凡三十四味
（十九）五行制方生克法附汤例
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